A globalizáció és a fenntarthatóság szempontjából átgondolatlan gazdasági fejlesztések következtében a természetes vegetáció veszélyeztetettsége folyamatosan nő. Korábban csak általános megfigyeléseinkre alapozhattunk, ezért a MÉTA térképezés során meghatároztuk és dokumentáltuk a 28 leggyakoribbnak vagy legsúlyosabbnak tartott veszélyeztető tényezőt (minden hatszög minden élőhelye estében a legfontosabb néhányat). Becsültük pl. a vízrendezések, a tájhasználat (erdő- és gyepgazdálkodás), az idegenhonos, agresszíven terjedő (inváziós) özönnövények, az urbanizáció, a fragmentáltság és a szomszédos táj hatását. A legveszélyesebb tényezőknek az özöngyomok terjedését, a túltartott nagyvadállományt, a lecsapolást, a helytelen vagy a már fel is hagyott kaszálást és legeltetést, a cserjésedést, valamint a homogén nagyüzemi erdőhasználatot találtuk (MOLNÁR et al. 2008).
A nagyüzemi erdőgazdálkodás erdeink legalább 59%-ában veszélyezteti a természetesebb állapotok fennmaradását, a helytelen legeltetés és kaszálás a gyepek legalább 19%-át károsítja, a cserjésedés az özönfajokkal együtt a vizes élőhelyek 28, a gyepek 33%-át veszélyezteti, míg a bányászat, beszántás, beépítés és erdősítés a vizes élőhelyek 13, a gyepek 23 és az erdők 6%-át. Összeségében csupán kb. 20%-ban találtunk olyan vegetációs foltokat, amelyeket semmilyen lényegesebb veszély nem fenyeget.
Az alapadatok kiértékelése után 12 indikátort fejlesztettünk: (1) nem veszélyeztetett állományok aránya, (2) özönnövényekkel veszélyeztetett állományok aránya, (3) vadtúltartás, cserjésedés, lecsapolás és erdőgazdálkodás által veszélyeztetett állományok összesített aránya, (4) hatszögszinten elszigetelt állományok aránya, (5) kvadrátszinten elszigetelt állományok aránya, (6) a hatszögben 1%-nál kisebb kiterjedésű élőhelyek országos aránya, (7) negatív szomszédosságú állományok aránya, (8) leromlott állományok aránya, (9) területvesztés az elmúlt 150 évben, (10) legalább közepes helybeni regenerációs képességű állományok aránya, (11) azon kvadrátok aránya, amelyekben az élőhelynek legalább közepes a regenerációs képessége szomszédos állományokban, (12) azon kvadrátok aránya, amelyekben az élőhelynek legalább közepes a regenerációs képessége parlagokon (MOLNÁR et al. 2008). Ezzel a 12 indikátorral becsültük az egyes magyarországi élőhelyek „átlagos” országos veszélyeztetettségét.
Az összevetés alapján Magyarország legveszélyeztetettebb élőhelyei a következők: homoki- és lösz erdőssztyepp tölgyesek (M2, M4, L2x), lápi zsombékosok (B4), régi fajtájú, hagyományos gyümölcsösök (P7), alföldi zárt tölgyesek (L5, J6), patakparti és lápi magaskórósok (D5), fáslegelők és fáskaszálók (P45), löszfalak (I2), üde és kékperjés láprétek (D1, D2), hegyi rétek (E34), láperdők (J2), félszáraz gyepek (H4) és sziki tölgyesek (M3).
A legkevésbé veszélyeztetettek egyes sziklai élőhelyek (I4, LY3, H1, G2, M7), egyes szikesek (F1a, F5, F1b, F2, B6) és mocsári hínárélőhelyek (A23, A3a, A1), a nyílt mészkerülő tölgyesek (L4a), a másodlagos galagonyás-kökényes cserjések (P2b) és a bükkösök (K5).